Původ afrických Pygmejů halí tajemství. Rekonstrukci jejich historie umožnil teprve výzkum dědičné informace. Vědci analyzovali DNA více než šesti stovek Afričanů náležejících k devíti pygmejským kmenům a k dvanácti populacím, v jejichž sousedství Pygmejové žijí. Výsledky prokázaly, že mezi jednotlivými pygmejskými kmeny jsou rozdíly jako mezi Evropany a Asiaty.

Navzdory genetickým i kulturním rozdílům však sdílejí všichni afričtí Pygmejové společné předky. Povstali z jediné populace poměrně nedávno – zhruba před 2800 lety, kdy se v centrální Africe rozmohlo zemědělství. Pygmejové, jejichž populace se oddělila od ostatních Afričanů před 54 až 90 tisíci lety, žili do té doby ve vlastním uzavřeném světě. Vpád zemědělců z bantuských kmenů rozprášil Pygmeje na všechny strany.