V podstatě od začátku pandemie onemocnění covid-19 odborníci předpokládají, že koronavirus SARS-CoV-2 má něco společného s netopýřími koronaviry. Je ale velmi nepravděpodobné, že se podaří najít jeho přímého předka, uvádí článek v odborném časopise Nature.
Genomy viru SARS-CoV-2 a několika blízce příbuzných netopýřích koronavirů naznačovaly, že před několika desetiletími sdílely společného předka. V nejnovější analýze, jež byla 8. listopadu prezentována na 7. světovém kongresu One Health v Singapuru, vědci porovnávali fragmenty genomů koronavirů.
Jakou roli hráli netopýři?
Analýza naznačuje, že některé části netopýřích koronavirů a SARS-CoV-2 měly společného předka ještě v roce 2016 – tedy pouhé tři roky předtím, než se virus koncem roku 2019 objevil u lidí. Toto zjištění zužuje dobu mezi předkem viru SARS-CoV-2 pocházejícím z netopýrů a přeskokem viru na lidi. Nevysvětluje však, jak nejbližší předek viru SARS-CoV-2 tento přeskok provedl.
Právě otázka, jak se virus dostal z netopýrů na člověka, je přetrvávající záhadou pandemie. Mnozí vědci se shodují na tom, že se na tomto kroku pravděpodobně podílelo nějaké zprostředkující zvíře. Studie upozorňuje na skutečnost, že najít přímého předka viru SARS-CoV-2 u netopýrů bude nesmírně obtížné. Proti jeho odhalení hraje čas a překotný vývoj virů.
Šance na nalezení přímého předka „jsou téměř nulové“, říká evoluční virolog z univerzity v Sydney v Austrálii Edward Holmes. „Tato loď již odplula.“ Dle molekulárního epidemiologa z Kalifornské univerzity v San Diegu Joela Wertheima vznikl přímý předek viru SARS-CoV-2 pravděpodobně z několika virů a od té doby se u netopýrů rekombinuje a mutuje.
Odhalování roušky tajemství
Od začátku pandemie se mnoho badatelů, zejména v jihovýchodní Asii, zabývá sekvenováním koronavirů nalezených u netopýrů a dalších savců. Sekvenovali také koronaviry ve starších vzorcích uložených v mrazácích v naději, že se jim podaří najít původ pandemického viru.
Dosud se však nepodařilo najít předstupeň viru SARS-CoV-2, což vedlo ke spekulacím, že pandemii vyvolal virus, který náhodou unikl z virologického ústavu v čínském Wu-chanu, kde celosvětová epidemie začala. Tato teorie však dosud nebyla věrohodně prokázána a Čína ji pochopitelně odmítá.
Z netopýrů a příbuzných živočišných druhů bylo dosud izolováno více než deset virů blízce příbuzných SARS-CoV-2. Nejbližšími známými příbuznými jsou dva viry: BANAL-52 nalezený v Laosu, jehož genom je z 96,8 % shodný s genomem SARS-CoV-2, a RaTG13 nalezený v jihočínském Yunnanu, který je shodný z 96,1 %. Rozdíl mezi 3 a 4 % naznačuje, že od doby, kdy tyto viry sdílely společného předka, uplynulo přibližně 40 až 70 let.
Rozdělení na segmenty
Porovnávání sekvencí celých genomů však ignoruje roli rekombinace v evoluci virů. Některé úseky RNA se mohou od SARS-CoV-2 velmi lišit, což by naznačovalo, že jsou vzdálenější, zatímco jiné fragmenty jsou mnohem podobnější a naznačují bližší příbuznost.
Aby odborníci zohlednili vliv rekombinací, porovnali 18 netopýřích virů blízce příbuzných koronaviru SARS-CoV-2 a rozdělili je do 27 segmentů. „Každý segment má jinou evoluční historii“, říká Spyros Lytras, evoluční virolog z University of Glasgow ve Velké Británii. Pro každý segment použili vědci větší podskupinu 167 příbuzných virů, aby odhadli, před jak dlouhou dobou měl SARS-CoV-2 společného předka s netopýřím nebo zvířecím virem.
Analýza odhalila, že některé segmenty sdílely společného předka se SARS-CoV-2 před pouhými několika lety. Většina fragmentů sdílela společného předka kolem roku 2007, ale jeden malý kousek, dlouhý asi 250 nukleotidů, mohl mít společného předka v roce 2016 a další 550 nukleotidů dlouhý fragment v roce 2015 – tedy jen 3 až 4 roky předtím, než se SARS-CoV-2 objevil u lidí.
Nejmladší fragmenty pocházely z netopýrů odebraných v Yunnanu a Laosu. Vzhledem ke vzdálenostem, na které se tyto viry mohou díky svým hostitelům pohybovat, analýza naznačuje, že nepravděpodobnějšími místy původu předků SARS-CoV-2 je jižní Čína a jihovýchodní Asie.
